Prvý kostol

Prvý kostolík sa spomína v kronikách už v roku 1247. Okolo tohto dátumu však vznikli polemiky. Prvá stavba bohostánku na Mariánskej hore bola dokončená rýchlo, len dva roky po založení novej Levoče. Kostolík nad mestom nevyhovoval priestorovo, ani stavebne. Farár Henrich de Leucz (z Levoče) sa v roku 1311 zaslúžil o opravu pútnického kostola. Leuczov nástupca farár Šalamon o jedenásť rokov pokračoval v úsilí svojho predchodcu. Socha alebo obraz milostivej Panny Márie bol už v prvom kostolíku. Zrod úcty k levočskej Božej Matke sa podľa dochovaného záznamu vizitácie levočskej farnosti z roku 1702 datuje do prvej polovice 14. storočia.

Druhý kostol

Uplynuli necelé dve storočia a okrem kapacitných problémov sa objavila narušená statika pútnického kostola. Levočský farár Servác načrel do farskej pokladnice a roku 1470 bohostánok zväčšil i čiastočne prestaval. Takto zrenovovaný kostol je podnes znázornený na ľavom krídle Oltára Majstra Pavla a situovaný nad výjavom rozposlania apoštolov. V poradí druhom pútnickom kostole na Mariánskej hore večne odpočíva farár Štefan Görffy, ktorý dal roku 1698 kostol opraviť a pristaval k nemu dve bočné kaplnky. Lež ani obetavosť a úsilie oddaného mariánskeho ctiteľa nemohlo odvrátiť ničivé živly a zub času, ktorý nahlodal druhý kostolík až do štádia asanácie.

Tretí kostol

Tretí kostol bol dielom ďalšieho farára Martina Engelberta, ktorý 13. mája 1766 požehnal prvý kameň posvätnej novostavby na Mariánskej hore. Ibaže v roku 1787 cisár František Jozef II. zakázal púte v celej krajine a panovníkov verdikt kruto dopadol na levočskú farnosť aj na chátrajúci pútnický kostol. Len čo sa proticirkevná politika cisárskeho dvora zmiernila, začal levočský farár Ján Ehrnsperger v roku 1819 s generálnou prestavbou kostola slávnostne posväteného 2. júla 1820 pred veľkým zhromaždením veriacich. Táto stavba síce vydržala bez väčších opráv bezmála celé storočie, no levočský farár Jozef Dulovič v roku 1844 kúpil do pútnického kostola organellum – malý organ a postupne dopĺňal chýbajúci interiér. Rok po obstaraní organa J. Dulovič svojím vrúcnym vzťahom k mariánskej svätyni získal dôveru a hlavne nezištnú obetavosť farníkov, ktorí postupne vybudovali kanalizáciu, zreštaurovali a pozlátili všetky oltáre a sochy v kostole na levočskej Hore. Jozef Dulovič v roku 1861 zomrel a vedenie farnosti prevzal dovtedajší levočský kaplán Pavol Still, ktorý nadviazal na dielo svojho predchodcu. V roku 1864 dal postaviť okolo cesty vedúcej na Mariánsku horu päť kaplniek so sochami stvárnenými na motívy udalostí zo života Panny Márie: Sv. Anna s Pannou Máriou, Zvestovanie, Panna Mária s dieťaťom, Nepoškvrnené počatie a Pieta. Stillovi pripisujú historici zásluhu na vysadení stromov okolo cesty a vytvorenie aleje.

Štvrtý kostol

Celestín Kompanyik navštívil na sklonku 19. storočia svetoznáme pútnické centrum v Lurdoch a po púti roku 1896 oslovil ľud Spišskej diecézy s prosbou  o peňažnú aj remeselnícku pomoc pri výstavbe nového stánku zasväteného levočskej Bohorodičke. Pútnický kostol dostal svoj historicky tretí architektonický pôdorys 2. júla 1903. V tento deň spišský kanonik Ignác Zimmermann posvätil základný kameň kostola. Novostavba sa rodila v pohnutej dejinnej etape na rozhraní 19. a 20. storočia.

Spiš v tom čase nepatril k prosperujúcim regiónom a grajciare na nový pútnický kostol sa zháňali ťažko. Nie najlepší stavebný materiál aj príliš rýchle tempo zapríčinili 16. októbra 1908 zrútenie kostolnej veže. Renovácie zrútenej veže sa ujala košická firma Balogh a dostavbu celého bohostánku prevzal Ján Sabol z Budapešti. Prvú sv. omšu v novom kostole na Mariánskej hore slúžil Celestín Kompanyik 2. júla 1914.

Vatikán ustanovil 13. novembra 1920 prvých troch slovenských biskupov: Jána Vojtaššáka za Spišskú, Karola Kmeťka za Nitriansku a Milana Blahu za Banskobystrickú diecézu. Všetci traja sa usilovali o budovanie základov duchovného, náboženského života, pastorácie a katechézy vo svojich diecézach, ale rovnaké úsilie venovali pozdvihnutiu ducha národa, hodnosti, dôstojnosti ľudskej osoby a sociálnym problémom, ktoré sa najmä v časoch veľkej svetovej hospodárskej krízy vyhrocovali do neúnosných rozmerov. Biskup Ján Vojtaššák krátko po svojej konsekrácii, na sviatok Navštívenia Panny Márie 2. júla 1922, slávnostne posvätil Mariánsku svätyňu na levočskej Hore. 

Bazilika minor

Tajomník Kongregácie pre sviatosti a Boží kult arcibiskup Vergilius Noe poslal vo februári 1984 spišskému kapitulnému vikárovi Štefanovi Garajovi list v tomto znení: „Považujem si za milé poslať Ti dekrét posvätného dikastéria, ktorým sa verejnoprávne vyhlasuje, že kostol na temene Mariánskej hory nad mestom Levoča, zasvätený Navštíveniu preblahoslavenej Panny Márie, bol z vlastného popudu najvyššieho veľkňaza poctený titulom a hodnosťou baziliky menšej.“

Onedlho kardinál Josephus Casoria, prefekt Kongregácie pre sviatosti a Boží kult, zaslal administrátorovi Spišskej diecézy Apoštolské breve Svätého Otca Jána Pavla II. z 26. januára 1984, v ktorom sa uvádzalo: „My z dôvodu starobylosti tohto svätého chrámu, ako aj pre jeho jedinečnú históriu a súčasne pre vzrast viery a náboženstva slovenského národa… Rozhodujeme teda, že kostol či Svätyňu Navštívenia blahoslavenej Panny Márie treba zahrnúť do počtu menších bazilík s právami a liturgickými povoleniami. Modlíme sa, aby tento akt slúžil ako na svätosť pastierov, tak aj na úžitok ľudu.“

Duchovné spojenectvo s Bazilikou Santa Maria Maggiore

Správca Baziliky Santa Maria Maggiore v Ríme Bernard Francis kardinál Law sa 1. januára 2008 oficiálnym listom oznámil Konferencii biskupov Slovenska, že Apoštolská penitenciária udelila privilégium úplných odpustkov mariánskym svätyniam spojeným osobitným duchovným putom s pápežskou Bazilikou Santa Maria Maggiore.

Pápež Benedikt XVI. schválil 25. marca 2009 dekrét adresovaný spišskému diecéznemu biskupovi Mons. Františkovi Tondrovi, aby pri príležitosti Baziliky Navštívenia Panny Márie na vrchu Mariánska hora nad mestom Levoča udelil v deň, ktorý slobodne vyberie, na úžitok veriacich, po ukončení najsvätejšej obety, všetkým prítomným veriacim, ktorí sa úplne vzdialia od záľuby k hriechu a zúčastnia sa na sv. omši, pápežské požehnanie spojené s úplnými odpustkami, ako sa získavajú za zvyčajných podmienok.

Slávnostné vyhlásenie oboch dekrétov Apoštolskej penitenciárie v Ríme sa udialo v závere slávnostnej odpustovej sv. omše 5. júla 2009, ktorú ako hlavný celebrant a kazateľ slávil Mons. Alojz Tkáč, košický arcibiskup a metropolita.